Dans le monde de Gamindustri il existe quatre territoires : Planeptune, Lowee, Lastation et Leanbox. Chaque territoire dispose d'une déesse qui veille dessus.  Cependant, Neptune la déesse de la ville futuriste de Planeptune, ne se souvient plus de rien et fera très bientôt la rencontre des autres déesses. Qui sont : Noire, la déesse de la ville steampunk de Lastation, Blanc, la déesse des terres magiques enneigées de Lowee et Vert, la déesse de l'ancienne ville de Leanbox.  Les quatre déesses devront travailler ensemble afin de mettre hors d'état de nuire la sorcière maléfique Arfoire.

Un an après le suicide de Kisaragi Miki, une idol de seconde zone, cinq de ses fans, qui se sont connus par un forum de discussion, se réunissent et se rencontrent pour la première fois. Au gré de leurs souvenirs, de leurs anecdotes et de leurs discussions, ils en viennent à douter de la cause de sa mort et enchainent les hypothèses et les révélations pour trouver la vérité sur la mort de Miki.